Đáng lưu ý, trong đó có nguồn tiền, tài sản liên quan đến nhiều công ty, tổ chức, cá nhân, đặc biệt để dùng thanh toán chuyển nhượng các dự án lớn cũng như quyền nắm giữ vốn điều lệ. Cụ thể, trong giai đoạn điều tra, cơ quan chức năng đã thu giữ hơn 590 tỷ đồng, gần 15 triệu USD. Trong đó, bị can Mỹ Lan, Trương Huệ Vân hơn 7 tỷ đồng; ông Tạ Hùng Quốc Việt, Giám đốc Công ty CP Greenhill Village 14.500.000 USD (nguồn tiền do bị can Mỹ Lan đưa cho ông Việt để nhận chuyển nhượng dự án Greenhill Quy Nhơn); Trần Văn Hùng, nhân viên tòa nhà Sherwood là 190 USD. Gia đình các bị can Mỹ Lan, Việt, Trần Văn Nhị và Vân đã tự nguyện nộp để khắc phục hậu quả của vụ án hơn 118 tỷ đồng, 306.000 USD.
Bị can Trương Mỹ Lan và các đồng phạm khi bị bắt.
Ông Nguyễn Phú Tiên, Giám đốc Công ty TNHH MTV An Nhựt Tân Long An là 50 tỷ đồng (nguồn tiền do bị can Trương Mỹ Lan còn thanh toán chuyển nhượng vụ án khu dân cư chợ mới do Công ty cổ phần đầu tư phát triển Phú Châu làm chủ đầu tư); Công ty cổ phần Sài Gòn Kim Cương gần 415 tỷ đồng (đây là một phần tiền mà bị can Lan giao cho các cá nhân của công ty trên để nắm 66,93% vốn điều lệ, trị giá hơn 1.204 tỷ đồng). Trong giai đoạn truy tố, cơ quan chức năng đã thu giữ của các bị can hơn 55 tỷ đồng.
Về phong tỏa tài khoản, sổ tiết kiệm gửi tại ngân hàng, cơ quan điều tra đã tạm giữ 1.266 bản chính giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, giấy chứng nhận công trình xây dựng; 1.784 bản photo giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; danh sách 269 nhà đất cho thuê và 21 hợp đồng công chứng, hơn 140 thỏa thuận bồi thường các thửa đất và các giấy chứng nhận quyền sử dụng đất thuộc dự án Bắc Phước Kiển, huyện Nhà Bè, TP Hồ Chí Minh. Đồng thời, kê biên 1.237 bất động sản liên quan trực tiếp đến bị can Trương Mỹ Lan. Trong đó, kê biên 61 bất động sản và ngăn chặn giao dịch 8 bất động sản của các bị can gồm: Bùi Anh Dũng, Bùi Đức Khoa, Hồ Bửu Phương, Trần Thị Mỹ Dung, Trương Huệ Vân, Từ Anh Tuấn, Cao Việt Dũng và các cá nhân khác đứng tên cho bị can; kê biên 8 bất động sản của Công ty TNHH Âu Lạc Quảng Ninh (Quảng Ninh) liên quan đến thỏa thuận hợp tác của bị can Lan với Tập đoàn Tuần Châu (Quảng Ninh).
Đối với tài sản thể hiện 143 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất tái định cư tại xã An Nhựt Tân, huyện Tân Trụ (Long An), UBND tỉnh Long An đề nghị được nhận lại các giấy chứng nhận trên để bố trí tái định cư cho 37 hộ dân chưa nhận nền đất và các hộ dân tại các dự án khác trên địa bàn huyện Tân Trụ và chuyển số tiền Công ty TNHH MTV An Nhựt Tân Long An được nhận khi hoàn tất thủ tục chuyển quyền, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho các hộ dân tái định cư để khắc phục hậu quả cho bị can Mỹ Lan. Ngăn chặn giao dịch của Công ty cổ phần Sài Gòn Kim Cương đối với 8 tài khoản mở tại Ngân hàng SCB chi nhánh Sài Gòn và 1 tài khoản mở Ngân hàng SCB chi nhánh Cống Quỳnh với tổng số tiền gần 790 tỷ đồng.
Đối với kê biên ngăn chặn giao dịch cổ phần tại SCB và các công ty liên quan đến bị can Mỹ Lan, cơ quan điều tra kê biên gần 858 triệu cổ phần SCB của Mỹ Lan và các cá nhân đứng tên hộ bị can này. Kê biên gần 138 triệu cổ phần của 5 công ty gồm: Công ty cổ phần vận tải hàng không miền Nam, Công ty cổ phần đầu tư Satsco Miền Bắc, Công ty cổ phần đầu tư Satsco – Phú Quốc, Công ty cổ phần T&H Hạ Long và Công ty cổ phần địa ốc Đông Á; ngăn chặn 14.001 cổ phần của Công ty CP tư vấn dịch vụ về tài sản, bất động sản DATC của Đỗ Xuân Nam. Cơ quan điều tra cũng kê biên 22 tài sản là phương tiện gồm: 1 du thuyền, 2 tàu, 19 ôtô của bị can Mỹ Lan, Huệ Vân do các pháp nhân đứng tên và những đồ vật, tài liệu khác của bị can hoặc liên quan đến vụ án.